Správní území obce Mikulčice bylo zasaženo několika významnými povodněmi. Na území došlo k mnoha povodním již v minulosti (v roce 1938 nebo 1940 a 1941).
Obr. 1: Povodně březen 1940 – Dolní konec pod vodou
Rok 1997 Povodně velkého rozsahu na celé Moravě v červenci. 7.7.1997 bylo předáno na Obecní úřad v Mikulčicích hlášení o 3. Stupni povodňové aktivity. Obecní úřad již od 7:30 hod. prováděl ochranná opatření na melioračním příkopu u mostu přes Kyjovku (nefunkční stavítko) a na ČOV. Hladina Kyjovky překročila výši 158 m n.m. a dále stoupala. Odpoledne byli upozorněni občané bydlící v ulici Luční na nutnost vyklizení sklepů, které budou při výpadku čerpadel ČOV zaplaveny. Byla svolána „užší“ povodňová komise a zajištěno sledování hladiny v Kyjovce a zásobování ČOV el. energií přes důl Mír. Dne 14.7. došlo k protržení PB hráze odlehčovacího ramene Kyjovky, kdy byla zatopena velká část zemědělských pozemků v k.ú. Lužice i Mikulčice.
Při povodni bylo zatopeno nebo zatopeno průsakem 113 domů, farma ZD, soukromá firma dřevoobráběcí, 2,6 km kanalizace a 1,8km obecních a 4 km státních komunikací. Dále bylo zaplaveno přes 700 ha v k.ú. Mikulčice, z toho přes 400 ha zemědělské půdy v užívání ZD, soukromých zemědělců a drobných pěstitelů. Břeh Kyjovky byl porušen v délce 500 m v části k.ú. Strání. Byla provedena evakuace nejpostiženějších částí obce. Obec provedla opatření pro zabezpečení chodu kanalizace přepojením na zásobování el. energií přes důl Mír a dále samostatným zdrojem el. energie. Dešťové oddělovače byly zabezpečeny před vniknutím povrchové a podpovrchové vody. Meliorační příkop, který řadu let není osazen hradítkem byl utěsněn. Více informací – podrobněji viz zápis Místní povodňové komise obce Mikulčice na OÚ
Obr. 2: Povodně červenec 1997 – Luční ulice na mikulecké straně
Obr. 3: Povodně červenec 1997 – Brána do dolní farmy ZP Mikulčice
Obr. 4: Povodně červenec 1997 – Letecký pohled na zaplavené Mikulčic